En la temporada 2010-2011, bajo las órdenes de Jesús María Pérez «Txiki», el C.D. Fontellas cuaja una magnífica temporada, acabando empatado a puntos con el C.D. Azkarrena, que ascendió directamete a Preferente, el C.D. Fontellas participó en la liguilla de ascenso aunque no pudo materializar el mismo.

A partir de la temporada 2010-2011 los resultados del C.D. Fontellas cambiaron positivamente, ganando muchos partidos y acabando siempre a escasos puntos de la fase de ascenso.

En septiembre de 2013, el C.D. Fontellas deja de ser un club filial del M.I. Ayuntamiento de Fontellas y se reorganiza com club autónomo, eso sí, manteniendo siempre la buena colaboración por parte del M.I. Ayuntamiento. Es nombrado presidente Víctor Sangüesa Pérez y se hacen nuevas incorporaciones a la Junta Directiva, tras la salida de algunos miembros.

Ya en la temporada 2016-2017 tras realizar una liga regular bastante floja, se realiza una fase de ascensomagnífica, culminando con el ascenso a Preferente el día 20 de mayo de 2017.

La temporada 2017-2018, ya en Regional Preferente, se afronta con mucha ilusión y bastante respeto por lo que podía suceder, contra todo pronóstico el C.D. Fontellas cuaja una magnífica temporada con grandes resultados, marchando líder gran parte de la liga, al final acaba 2º clasificado, puesto que no le da derecho a jugar el Play Off de Ascenso, materializando el ascenso a Autonómica el día 26 de mayo de 2018.

El club debuta la temporada 2018-2019 en Primera Autonómica, con los nervios propios de la categoría, el club vuelve a cosechar grandes resultados y marcha gran parte de la liga como segundo clasificado, puesto en el que termina y consigue el ascenso a Tercera División el 5 de mayo de 2019.

Actualmente está disputando la liga del Campeonato Nacional de Tercera División.